今天天气好冷，家里又没有暖气，于是我机智的打开了电脑里的Folding@home跑起了GPU运算

嗯针不戳，温暖舒适
（测量的是显卡表面温度）

采暖的同时，还能为新冠病毒的生物学研究、治疗药物研发等做出贡献哦

项目官网：https://foldingathome.org/

要开始Folding@home运算，需要在官网注册一下，从邮箱获取passkey然后填写到软件里。

软件下载地址：
https://foldingathome.org/start-folding/

注册地址：
https://apps.foldingathome.org/getpasskey

去邮箱查看passkey：

填写到软件里：

1. 右击软件的托盘图标，选“高级控制面板”：

2. 点“配置”：

3. 切换到“认证”选项卡，填两遍passkey，点“保存”（Save）即可。

如果你想加入一个队伍，在“Team”那里填写队伍编号即可。用默认的0也没问题，只是你的贡献不会计入队伍。

4. 任务开始后，可以通过3D查看器查看你正在参与运算的蛋白质分子结构，按数字键1/2/3可以切换不同的显示模式，鼠标拖动可以切换视角，鼠标滚轮可以缩放。

5. 设置好后需要一段时间才能收到任务，此外GPU任务的接收时间通常比CPU任务更久。所以如果遇到CPU任务开始了，GPU任务还没有开始的现象，属于正常。

官网截图（机翻+人工修正）：

关于Folding@home成果的论文节选（机翻+人工修正）：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.27.175430v3.full

严重急性呼吸综合症冠状病毒2（SARS-CoV-2）是一种新型冠状病毒，对全球人类健康和社会经济稳定构成迫在眉睫的威胁。根据SARS-CoV-2/COVID-19估计的基本繁殖数量约为3-4，冠状病毒病2019（COVID-19）的病死率约为0.1-12％（随时间快速变化），传播迅速，目前正在威胁全球人口。截至2020年9月12日，全球已确认病例超过2900万例，死亡人数超过92.5万。隔离和社交距离有效减慢了传播速度；但是，它们造成了严重的社会和经济破坏。所以，找到即时的治疗干预措施对我们来说至关重要。

通过合理的设计，对SARS-CoV-2蛋白的结构性理解可以加快新疗法的发现。为此，结构生物学界做出了巨大的努力，以快速构建SARS-CoV-2蛋白及其形成的复合物的模型。然而，众所周知，蛋白质的功能由其可利用的全部构象决定，其中许多对于实验方法仍然是不可见的。将这些构象映射为SARS-CoV-2蛋白将提供更清晰的图片，说明它们如何使病毒执行多种功能，例如感染细胞，逃避宿主的免疫系统和复制。这样的映射可能还会提供新的治疗机会，例如实验快照中不存在的“隐秘”口袋，从而为药物发现提供了新的靶标。

分子动力学模拟具有捕获蛋白质采用的完整结构的能力，但需要大量的计算资源。这种模拟捕获了蛋白质所经历的运动范围的全原子表示。现代数据集通常由单个蛋白质的几微秒模拟组成，一些值得注意的例子达到了毫秒级。然而，许多重要的过程发生在较慢的时间尺度。所以，在生物学相关的时间尺度上模拟与SARS-CoV-2相关的每种蛋白质都将需要前所未有的计算资源。

为了克服这一挑战，来自世界各地的超过一百万公民科学家捐赠了他们的计算机资源来模拟SARS-CoV-2蛋白。Folding@home分布式计算平台实现了这种大规模的协作，该平台已经突破了每秒百亿亿次计算的屏障，现已成为全球最大的超级计算机。利用这一资源，我们构建了与SARS-CoV-2相关的超过二十种蛋白质和复合物的结构整体的定量图。同时，我们进行了前所未有的0.1秒级别的仿真。我们的数据揭示了SARS-CoV-2复制周期必不可少的构象改变机制，并揭示了许多新的治疗机会。数据得到各种实验观察的支持，并已公开提供（ https://covid.molssi.org/ 和 https://osf.io/fs2yv/ ），以符合开放科学原理，并加快新疗法的发现。

我还差个这个的显卡。。

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关于Folding@home成果的论文节选（机翻+人工修正）：
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.27.175430v3.full

严重急性呼吸综合症冠状病毒2（SARS-CoV-2）是一种新型冠状病毒，对全球人类健康和社会经济稳定构成迫在眉睫的威胁。根据SARS-CoV-2/COVID-19估计的基本繁殖数量约为3-4，冠状病毒病2019（COVID-19）的病死率约为0.1-12％（随时间快速变化），传播迅速，目前正在威胁全球人口。截至2020年9月12日，全球已确认病例超过2900万例，死亡人数超过92.5万。隔离和社交距离有效减慢了传播速度；但是，它们造成了严重的社会和经济破坏。所以，找到即时的治疗干预措施对我们来说至关重要。

通过合理的设计，对SARS-CoV-2蛋白的结构性理解可以加快新疗法的发现。为此，结构生物学界做出了巨大的努力，以快速构建SARS-CoV-2蛋白及其形成的复合物的模型。然而，众所周知，蛋白质的功能由其可利用的全部构象决定，其中许多对于实验方法仍然是不可见的。将这些构象映射为SARS-CoV-2蛋白将提供更清晰的图片，说明它们如何使病毒执行多种功能，例如感染细胞，逃避宿主的免疫系统和复制。这样的映射可能还会提供新的治疗机会，例如实验快照中不存在的“隐秘”口袋，从而为药物发现提供了新的靶标。

分子动力学模拟具有捕获蛋白质采用的完整结构的能力，但需要大量的计算资源。这种模拟捕获了蛋白质所经历的运动范围的全原子表示。现代数据集通常由单个蛋白质的几微秒模拟组成，一些值得注意的例子达到了毫秒级。然而，许多重要的过程发生在较慢的时间尺度。所以，在生物学相关的时间尺度上模拟与SARS-CoV-2相关的每种蛋白质都将需要前所未有的计算资源。

为了克服这一挑战，来自世界各地的超过一百万公民科学家捐赠了他们的计算机资源来模拟SARS-CoV-2蛋白。Folding@home分布式计算平台实现了这种大规模的协作，该平台已经突破了每秒百亿亿次计算的屏障，现已成为全球最大的超级计算机。利用这一资源，我们构建了与SARS-CoV-2相关的超过二十种蛋白质和复合物的结构整体的定量图。同时，我们进行了前所未有的0.1秒级别的仿真。我们的数据揭示了SARS-CoV-2复制周期必不可少的构象改变机制，并揭示了许多新的治疗机会。数据得到各种实验观察的支持，并已公开提供（ https://covid.molssi.org/ 和 https://osf.io/fs2yv/ ），以符合开放科学原理，并加快新疗法的发现。

任务开始后，可以通过3D查看器查看你正在参与运算的蛋白质分子结构，按数字键1/2/3可以切换不同的显示模式，鼠标拖动可以切换视角，鼠标滚轮可以缩放。

教程有了，显卡那里领？@老虎会游泳，

@老子会游泳，黄仁勋家

@老虎会游泳，我一直奇怪计算机是怎么计算出人类可治病的药物，毕竟不是真实人体药物反应呀。
小米8(白)

@艾木友尔尔巴，“分子动力学模拟”（或者称“分子动力学仿真”）是一种对现实世界生物大分子运动情况的“仿真”。

所谓仿真，也就是“尽可能的接近现实”，在仿真软件做的好到一定程度之后，你就可以把它的运算结果当做现实——它与现实的差异只是运算速度不同罢了，现阶段仿真一毫秒都需要大量计算机运行很多天。

但是仿真的结果通常都是准确的。如果在仿真软件里得到一个结果，然后你亲自去做实验验证，大概率也会得到相同的结果。

所以以下流程已经成为很多科研领域的全新工作方法：

实验寻找规律 -> 编写仿真软件 -> 在仿真软件中实验 -> 挑选出好结果在现实中验证

和实验相比，仿真可以让你看到很多实验中不可能看到的细节。毕竟你可以在最小时间尺度内随时暂停、放大、观察细节。

此外，实验也往往具有偶然性，可能会由于外部条件的干扰，错过某些本来会成功的结果。但是仿真就可以采用遍历的方法精确测量每一种结果，或者用随机的方法生成大量待测结果进行实验。

虽然仿真一毫秒都需要运算很久，但和亲自合成待实验的生物大分子比起来，还是轻松多了。人类目前还没有完全掌握精确合成特定结构分子的技术，合成的结果经常含有同分异构体，影响实验的准确性。特别是蛋白质还需要正确折叠才能实现其功能，如何保证合成产物正确折叠，也是一个大问题。

更别提很多生物大分子的合成步骤本身就非常复杂，需要有很多步前体反应。甚至有些新发型的大分子我们不知道该如何合成。

所以，亲自合成一种“只是试试看有什么用”的分子来进行实验，代价实在是太大了。相比之下仿真的代价就小很多，而且还有“全方位无死角观察”的优势，怎么看都比亲自实验划算。

而等到通过仿真找到真的有实验价值的分子结构之后，再亲自研究合成方法，就会变得有意义很多。

@艾木友尔尔巴，此外，“分子动力学模拟”显然不涉及人体结构仿真，它只是体外实验仿真，模拟的是纯净、无污染、无杂质的理想实验室环境。而生物实验室所做的大部分实验本身就是体外实验，只有等药物准备上市了，才能进行人体实验。

所以，仿真和真正的药物实验，差别还是比我们想象的小。现实中真正会进行的大部分药物实验，都是既不涉及人体，也不涉及实验动物的。

因为仿真相当于体外实验，所以仿真得到好结果的药物，进行人体实验的结果不一定好，这种可能性确实存在。

但是，仿真得到差结果的药物，进行人体实验的结果一定不好。这一点是肯定的。这就帮我们排除了大量的错误解。我们只需要挑那些为数不多的好结果去实验验证就行了。

@老虎会游泳，涨知识。不愧万能虎
小米8(白)